A construção da Basílica Superior começou logo após 1239 e foi finalizada em 1253. A entrada da Basílica superior (que representa a glória) é feita pela arcada do convento dos frades. O estilo dessa área é completamente diferente da Basílica Inferior. Grandes janelas de vidro colorido banham com luz as obras de Giotto e Cimabue.
A sua arquitectura é uma síntese do Românico e do Gótico Italiano. As duas igrejas foram decoradas pelos maiores artistas daquele tempo, vindos de Roma, Toscana e Úmbria.
A Igreja Inferior, onde o Santo está sepultado, tem frescos elaborados por renomados artistas medievais, como Cimabue, Giotto, Pietro Lorenzetti e Simone Martini. Na igreja superior encontram-se os frescos de cenas da vida de San Francesco, realizados por Giotto e seus seguidores. A cripta foi acrescentada só em 1818, quando a sepultura de São Francisco foi aberta.
A Basílica Inferior, que representa a penitência, consiste numa nave central com várias capelas laterais com arcos semicirculares. É muito mais sombria que a igreja superior e a nave é decorada com os frescos mais antigos da igreja, criados por um artista chamado de "Mestre de São Francisco". Eles mostram cinco cenas da Paixão de Cristo à direita, e à esquerda, cenas da vida de San Francesco. Esses frescos foram finalizados em 1260-1263. São considerados os melhores exemplos da pintura mural da Toscana, antes de Cimabue.
Como a popularidade da igreja aumentou, capelas laterais para famílias nobres foram adicionadas entre 1270 e 1350, destruindo os frescos nas paredes. A primeira capela à esquerda é decorada com dez frescos de Simone Martini. Esses estão entre os maiores trabalhos de Martini e os melhores exemplos da pintura do século XIV.
A nave termina numa abside semicircular ricamente decorada. Os frescos no transepto direito mostram a Infância de Cristo, feitos parcialmente por Giotto e seus aprendizes e a Natividade pelo anónimo Mestre di San Nicola. O nível inferior mostra três frescos representando San Francesco ajudando duas crianças. Esses frescos de Giotto foram revolucionários para a época, pois mostravam pessoas reais com emoções numa paisagem realista.
Pela nave se desce para a cripta através de uma escadaria dupla. Este local, que guarda o túmulo de San Francesco, foi descoberto em 1818. O túmulo tinha sido escondido pelo irmão franciscano Elia Bombardone, para evitar que suas relíquias se espalhassem pela Europa medieval.
Por ordem do Papa Pio IX, uma cripta foi construída por baixo da Basílica Inferior. Foi projectada por Pasquale Belli com mármore fino em estilo neoclássico, mas foi redesenhada em pedra crua em estilo neo-Românico por Ugo Tarchi entre 1925 e 1932.
Ao lado da Basílica, fica o Sacro Convento, que se assemelha a uma fortaleza e que começou a ser habitado em 1230. A Basílica é administrada pelos Frades Menores Conventuais ou Frades Franciscanos Conventuais, que são os guardiães dos restos mortais do Santo de Assis.Fonte: Wikipédia.org /http://www.sabercultural.org